Fekální transplantace je použití stolice k léčbě. Nejde přitom o šarlatánství!!! Roztok stolice je podán buď do konečníku, nebo tlustého střeva přes konečník, nebo sondou (trubičkou) z nosa až do trávicího traktu.

Tato metoda léčby se používá v případě, kdy se po léčbě antibiotiky přemnožila ve střevě jedna z baktérií, která může napáchat pěkné zlo a nasazení jiné léčby tuto baktérii nezastavilo.

Toto přemnožení "zlé" baktérie se může projevit v době až 3 měsíce od užívání antibiotik dlouhodobým průjmem (týdny, měsíce), na který nezabírají žádné léky ani dieta. Odborně se hovoří o kolitidě způsobené Clostridium difficile (= zánět střeva způsobený baktérií, která se jmenuje Clostridium difficile)

Nejčastěji jsou nemocní pacienti nad 65 let, pacienti s více nemocemi, nemocní, kteří jsou často v nemocnici a jsou léčeni antibiotiky.

Prevence, tedy jak předejít vzniku této nemoci, je, během léčby antibiotiky, užívat probiotika (Ta se dají koupit v lékárně a  dodávají do střeva "hodné" baktérie, které pomáhají ve střevě udržet pořádek a zabraňují přemnožení "zlé" bakterie.)